Главный герой Ник Скрайер, американский пси-оперативник, должен использовать все свои уникальные таланты, в частности, телекинез, пирокинез, видение ауры, телепатические способности и т.д. для того, чтобы расправиться с ужасной террористической организацией под названием The Movement, которая создала элитную армию психо-солдат, мечтая захватить мир. Миссии в игре можно завершить самыми разнообразными путями, Ведь игроки, используя психическую силу, могут поднимать и швырять различные предметы и даже людей, временно покидать своё тело и проводить разведку в "бестелесном" состоянии, выкачивать психическую энергию из врага, создавать стену огня, зажигая все вокруг; видеть объекты, невидимые обычным глазом, и даже управлять слабовольными персонажами.
Эту игру, пожалуй, можно было бы назвать трехмерным воплощением 
Убегая от Скорпиона через портал из Преисподней, колдун Куан Чи находит древнюю гробницу, в которой лежат мумифицированные остатки непобедимой армии Короля Дракона - первого императора Внешнего Мира. Колдун понимает, что, воскресив эту армию, он может стать непобедимым. Для этого ему необходимо поместить в мумии души мертвых воинов. Для этого он предлагает сделку другому колдуну - Шанг Цунгу, пообещав ему бессмертие и вечную молодость, если тот согласится. Так рождается Смертельный Альянс. Перед тем, как начать исполнение своих планов, колдуны решают убрать тех, кто может им помешать. Первой их целью стал император Внешнего Мира - Шао Кан. Найдя Кана в его дворце, они присягнули ему в верности.