Главный злодей, Клогг, по сюжету первой игры был изгнан из страны Neverhood, и, летя в космосе, падает на планету Идзнак. Попав туда и убив их вожака, он решает захватить власть над населением планеты - теми самыми Skullmonkeys, с целью построить машину смерти (Evil Engine №9) и уничтожить страну Neverhood. Однако обезьяна по имени Джерри-о не подчинился Клоггманки и посылает летающий передатчик Клэймену, герою первой игры, который в этой самой стране находился. Передатчик хватает Клэймена и переносит на Идзнак.