Земля, Метро Сити, 2026 год. Коррумпированная группа мутантов Scumocide контролирует Вселенную. Наш герой, Капитан Коммандос собирает группу ренегатов: Ginzu the Ninja, Mack the Knife, Mummy Commando и двухлетнего гения Baby Head для свержения Scumocide. Это непростая задача, т.к практически все учреждения на Земле контролируются Синдикатом, но похоже наших героев это не останавливает. Выбрав одного их четырёх персонажей, игрок отправляется в поход сквозь орды генетически усовершенствованных преступников. В конце каждой локации Вас ждёт Босс, которого надо победить прежде перейти к следующему уровню.