Издавна на Земле существовали два камня - синий и красный. Красный камень являлся подарком дьявола человечеству. Обладатель красного камня мог изменить свою судьбу с помощью человеческих жертвоприношений. Жертвоприношения совершались с помощью ножа с изогнутым лезвием, в рукоятке которого и находился красный камень. Недостатком красного камня было то, что человек, владевший им, постепенно превращался в демона, и, в конце концов, умирал. Про синий камень известно лишь то, что его ни в коем случае нельзя соединять с красным. История красного камня связана с семейством Роквеллов. Давным-давно Аллан Роквелл завладел камнем, убив короля, который загадочным образом обрел власть над страной.
Действие разворачивается в мире после глобальной катастрофы - разрушение озонового слоя и глобальное потепление привело к таянию полярных льдов. Все материки затопило, значительная часть человечества погибла. Осталась небольшая часть выживших людей. И все на кораблях. Вы являетесь капитаном подводной лодки ''Syachi'', которая патрулировала воды мирового океана по заданию ООН. Вам предстоит найти землю для них и для себя. Также вам предстоит защищать людей от бандитов, которые грабят суда. Позже, вы найдёте дрейфующий искусственный корабль-остров - плавучий научно-исследовательский комплекс ''Plant 9''. Там вы сможете получать боевые задания, отремонтировать и улучшить свою подлодку. Например, можно поставить новый двигатель.
В Aquanaut's Holiday 2 Вы в роли океанографа занимаетесь изучением подводного мира. Не по совсем ясным причинам Вы в опале у начальства, прессы, телевидения, в результате чего босс отправляет Вас в длительный отпуск. Разумеется, в силу своей специальности и увлечения Вы потратите время вынужденного отпуска на погружение в пучины океанов и морей в небольшом батискафе и впереди у Вас много открытий, общения с природой и обитателями глубин (как и в первой части общение сводится к использованию сонара, который как отпугивает, так и притягивает любопытных особей).
Вы играете молодого парня Леванта (Levant), идущего по стопам своего исчезнувшего отца и мечтающего стать деревенским старейшиной Cocoon Master. Чтобы выполнить свое предназначение, Вам предстоит освоить использование магических коконов, для захвата, усмирения и тренировки монстров, населяющих четыре окружающих леса. Эти монстры совершенно необходимы, чтобы спасти людей Сайрус (Syrus) от нашествия Онибубу (Onibubu). Это совсем непростая задача, тем более, что местные жители, которых пытаетесь спасти, обвиняют Вас во всех смертных грехах.