В Aquanaut's Holiday 2 Вы в роли океанографа занимаетесь изучением подводного мира. Не по совсем ясным причинам Вы в опале у начальства, прессы, телевидения, в результате чего босс отправляет Вас в длительный отпуск. Разумеется, в силу своей специальности и увлечения Вы потратите время вынужденного отпуска на погружение в пучины океанов и морей в небольшом батискафе и впереди у Вас много открытий, общения с природой и обитателями глубин (как и в первой части общение сводится к использованию сонара, который как отпугивает, так и притягивает любопытных особей).