В прошлой жизни Юки был девушкой, которая вместе с Зесом сражалась с демонами. Она была очень дорога Зесу. Сейчас же Юки - парень, который живёт в приюте, куда его подкинули в младенчестве, ходит в школу, занимается каратэ, подрабатывает и знать не знает ни о каком Зесе. С виду Юки - обычный парень и у него, как и у всех, есть свои секреты. Вот только его секреты не совсем обычные. Один из них - прикасаясь к людям, он может читать их мысли. Быть человеком с необычными способностями нелегко, и всё же Юки неплохо справляется. Так что, в основном жизнь Юки проходит мирно и спокойно. Но любой размеренной жизни когда-нибудь приходит конец. Вот и в судьбе Юки однажды всё меняется.
20 мая 2012 года Ренмару Миябидо (Renmaru Miyabido) получает сообщение на мобильный, что его подруга Мью (Myu) умрёт сегодня в полдень в заброшенном здании под названием Integral. На мотоцикле Ренмару спешит к данному месту и по прибытии посмотрев на часы, видит, что у него осталось чуть более 30 минут чтобы найти друга и спасти её. Примерно в это же время Наруми Мишима (Narumi Mishima) получает аналогичное сообщение с просьбой о помощи, и она незамедлительно отправляется в Интеграл. Наруми знает что именно Мью и Ренмару являются теми кто может предотвратить так называемый План Второго Затмения.
Название "3LDK" проистекает из аббревиатуры, которую японцы используют для описания своих особняков и домов: L = гостиная, D = столовая, K = кухня и "3" означает, что есть три спальни. Игра рассказывает историю главного героя Масато Асакавы, ученика второго курса средней школы. После внезапного перевода его родителей на работу за границу Масато оказывается один со своим другом детства Тихоги Сану в квартире семьи Асакава. В следующем году предстоят экзамены в университет после чего Масато ожидает беззаботная жизнь вдали от родительского надзора. Однако, родители, опасаясь ухода в отрыв их любимого сына поручили присматривать за ним Мику, смотрительницу храма, суровую и прямолинейную старшую сестру его друга Тихоги.